1、申请宅基地使用权
首先村民在建筑房屋前应先向村集体组织申请宅基地使用权，取得国土部门颁发的集体土地使用权证书。然后向当地镇(街道)规划建设办申请房屋建设的报批手续，才能进行施工建设。房屋建成后村民应当向规划建设办申请房屋竣工验收，取得规划验收合格证明。
2、向当地房管所提出申请
经过规划建设办批准建设及验收合格的房屋，村民需要办理房屋产权证的，应当向当地房管所提出申请，并提交土地使用证、报建验收证明、房屋面积测绘报告等资料。房管部门在受理农村村民要求办房产证的申请后。将会检查相关资料，并将申请登记的事项在村集体组织内进行公告。经公告无异议或有异议不成立的，将给予登记发证。
需要提醒您注意的是，《房屋登记办法》规定，由于农村宅基地使用权是农村集体组织对村民的一种福利分配，因此，其转让是受到一定的限制，村民申请土地及房屋产权转让的，应先提交农村集体组织同意转让的证明材料。若受让方不属于房屋所在地农村集体组织成员，除法律法规另有规定(如继承、直系亲属赠与)外，房屋登记机构将不予办理转移登记。 另外，《房屋登记办法》还规定，农村集体土地即宅基地上的房屋也不能办理抵押登记
农村房屋办理房产证，首先需要满足一定的条件。由于农村建房的宅基地需要通过审批，因此，农村房屋房产证的办理不同于城市房屋的先买房后办证。而是需要先提出申请，通过审批后，才可以建房并领取房产证。
二、农村宅基地有房产证吗?
农村宅基地一般情况下是只有使用权的，而农村宅基地上的自建房是可以申请房产证的。
农民建房申请宅基地的审批程序
1、农村村民建住宅，首先向集体经济组织提出申请;
2、村集体经济组织对申请建房户在醒目的地方进行张榜公示(15个工作日以上);
3、国土资源管理所及镇社会事务办公室到实地对申请人是否符合条件，拟用地是否符合规划等进行初审;
4、公布期满无异议后，将符合“一户一基”条件的用地户按规定报乡镇人民政府审核后，报县人民政府审批(占用农用地的按规定报市政府办理农用地转用审批手续)。
5、宅基地批准后，国土资源所及镇社会事务办公室到实地批放宅基地，并发放选址意见书，规划许可证，施工许可证(“一书两证”)。
6、村民住宅建成后，国土资源所到实地检查是否按批准面积和要求使用土地，对符合要求的建房户核发集体土地使用证书。
7、村民凭土地使用证及规划许可证申请办理房屋所有权证。
所以，农村房屋的产权证的办理一共也就是分成两个流程。只不过需要向房管所提交的这些材料在办理起来的时候可能比较麻烦。比如说，农村自建房的验收证明，那村民还得寻找专业的对房屋质量进行验收的单位，在单位验收了以后才能够拿到报建验收证明，农村的房产证的办理是要先办理宅基地证的。
