被告上海某某有限公司辩称，对原告陈述的事实经过无异议，系争房屋确由原告全额出资购买。但原告以被告名义购买系争房屋，在原告未对被告合理补偿的情况下，不同意原告诉讼请求。
经审理查明，原、被告签订《协议书》，约定：1、原告以被告名义在上海购房，购房合同以被告名义签订，房产证办理至被告名下，购房款、维修基金、税费等一切费用均由原告承担;2、上海市某某路XX室房产的真正所有权人为原告，在任何情况下，被告不得主张该房屋的所有权;3、未经原告同意，被告不得擅自处分该房产，包括但不限于转让、抵押、出租等;4、若原告欲将产权过户至原告名下时，被告应无条件配合原告办理产权过户手续，所发生的一切税费由原告独自承担。系争房屋自案外人交付起即由原告实际使用至今。
本院认为，原告与被告订立协议，约定由原告出资，以被告名义购买系争房屋，系争房屋的实际权利人为原告。该协议系双方真实意思表示，原告据此要求确认系争房屋产权归其所有，符合协议约定，本院对此予以支持。因双方约定若原告要求产权过户时，被告应无条件配合，且在任何情况下，被告不得主张该房屋的所有权。被告理应协助原告办理系争房屋的过户手续。双方于协议约定，交易过户的相关费用由原告承担，且原告亦表示自愿承担该费用，本院对此予以准许。综上，判决如下：
一、上海市某某路XX室房屋产权归原告A所有;
二、被告上海某某有限公司应于本判决生效之日起十日内协助原告A办理上述房屋的产权变更手续，变更产权登记所需相关费用由原告A负担。
